Con la nefasta noticia de “La venta de la bandera”, explotó un sinnúmero de levantamientos armados en diversos puntos del territorio nacional. Con tanto desorden político, el presidente Luis Cordero presentó su renuncia el 15 de abril de 1895 y de inmediato asumió el poder el vicepresidente, don Vicente Lucio Salazar. Pese a esto, las reacciones insurgentes continuaron, como fue el caso de Babahoyo, donde la tropa del Ejército desconoció al gobierno de Vicente Lucio Salazar, considerando que “sería una temeridad sostener al gobierno que ha dado origen al escandaloso negociado del buque Esmeralda”.

Para el 3 de junio, la ciudad de Guayaquil estaba sitiada y sus vías de acceso se encontraban en manos de los insurgentes comandados por el general Plutarco Bowen y los coroneles Víctor Fiallo, Rafael Arellano, José María García, Carlos Concha y Manuel Serrano.

Con esta situación política insostenible, el comandante de armas de Guayaquil, general Reinaldo Flores, abandonó sus funciones y dejó el comando en manos de la Junta de Notables, la cual convocó a 62 personas sobresalientes del Puerto Principal, de las cuales concurrieron apenas 32. Con esto se logró un acuerdo inmediato sobre: terminar las hostilidades por parte de los revolucionarios, el nombramiento de jefe civil y militar a don Ignacio Robles y la idea preliminar de nombrar jefe supremo al general Eloy Alfaro, moción que fue presentada por un liberal radical, don Manuel María Suárez.

El 5 de Junio de 1895, la Junta de Notables inició su reunión en casa de don Ignacio Robles, teniendo como grito sonoro la insubordinación de las tropas que abandonaban sus cuarteles con tiros al aire. Entre desorden y deserción, las tropas dejaron las armas y todo el parque militar en manos de la población que exigía la posesión del general Alfaro a la Jefatura Suprema. Inmediatamente el populacho armado se confundió con la tropa de los batallones No. 2 y 3, formando un solo río de gente que gritaba ¡Viva Alfaro! Era también el momento oportuno para que se dieran a la fuga los presos políticos que fueron detenidos por el gobierno conservador. Al mismo tiempo, una parte de las masas asaltaba los juzgados del crimen, haciendo añicos los archivos de aquellas oficinas de justicia.

En medio de toda esta convulsión, circulaba una hoja que convocaba a toda la población a los salones de la municipalidad a fin de que se elabore el Acta de Pronunciamiento a favor de Alfaro. Cuando la muchedumbre llegó a estos salones, los concejales del régimen anterior esperaban iniciar la sesión, pero el pueblo rechazó de plano su presencia y los concejales se marcharon. Inmediatamente los señores Manuel María Suárez y Emilio Arévalo, redactaron el Acta en la que se resolvió desconocer la Constitución de 1883 y nombrar a don Eloy Alfaro Delgado, Jefe Supremo de la República y General en Jefe del Ejército. Este documento fue avalado por un número aproximado de 16.000 firmas recogidas desde la tarde del 5 de Junio hasta el día siguiente. Brilló en aquel listado la firma de los señores Lizardo García, Emilio Estrada y José Luis Tamayo, años más tarde presidentes de la República.

Con este triunfo de los liberales, don Ignacio Robles envió un cable a Managua, ciudad en la que se encontraba Alfaro combatiendo en nombre del presidente José Santos Zelaya. Para el Viejo Luchador debió ser la gran sorpresa, dado que con sus 30 años de insurgencia en territorio ecuatoriano jamás logró alcanzar la presidencia de la República, como sí lo consiguieron sus colegas liberales que se aprovecharon del escándalo de la “Venta de la bandera” para tomarse el poder.

Alfaro llegó a Guayaquil el 17 de junio. Dos días después, los cabecillas de la Revolución Liberal le entregaron la banda presidencial y la mesa puesta. Al respecto, Manuel J. Calle decía que “él no había hecho la revolución, antes bien, fue la revolución la que se acordó de él”.