Aquellos pueblos huancavilcas, chonos, punaes, chanduyes, daules, chunanas, culunchis, poco o nada cambiaron con la invasión inca, pues su factor de influencia preponderante fue en territorio andino. Otra fue la historia con la presencia de los conquistadores españoles, encabezados por Francisco Pizarro, Hernando de Luque y Diego de Almagro, quienes iniciaron su expedición militar empoderándose del Tahuantinsuyo, a raíz de la muerte de Atahualpa, su último emperador. Con la fundación de Quito, 1534, gran parte de los conquistadores se dispersaron para continuar con las fundaciones: Juan de Ampudia, al norte; Pedro de Puelles, al oeste, a las costas del Océano Pacífico y Sebastián de Benalcázar, al suroeste.

Sobre la fundación de Guayaquil, nuestro historiador y cronista Modesto Chávez Franco manifiesta que la Perla del Pacífico tuvo “tres fundaciones y dos traslados”.

Efectivamente, el capitán Benalcázar salió de Quito rumbo a San Miguel de Piura. A su retorno pasó por tierras huancavilcas y fundó Guayaquil, el 25 de julio de 1535, celebrando el día del apóstol Santiago el Mayor. Le acompañaron en aquel gran episodio Diego Daza, Diego Tapia, Diego Sandoval, Diego de Escobar, Francisco de Villalobos, Miguel Muñoz, Antonio de Rojas, Pedro Martín Montanero, Pedro Sancho, Alonso de Vargas, el fray Hernando de Granada… De los 70 españoles, Daza fue nombrado alcalde del Cabildo, mientras que Benalcázar pasó a la conquista de la isla Puná, para luego continuar con otras fundaciones en el norte de lo que fuera años más tarde la Real Audiencia de Quito.

Esta fundación fue a pique por la codicia de los españoles, quienes –por la fuerza- se apropiaban de oro, plata y de las mujeres nativas más bellas. El cronista Pedro Cieza de León, en su libro Crónica del Perú el señorío de los incas, narra la destrucción de aquella ciudad por la ira de los indígenas. Éstos, incendiaron el poblado y mataron a los blancos, logrando escapar y llegar a Quito apenas seis, entre ellos Diego Daza. Tiempo después, Daza y Tapia intentaron reconquistar lo que habían fundado, pero los guerreros huancavilcas impedían a toda costa el retorno castellano. Para esto, Pizarro, en 1536, mandó desde Lima al capitán Zaera con más hombres y armas, logrando fundar una vez más Guayaquil a orillas del río Yaguachi.

En la fundación de Zaera se repitió la misma historia de sublevaciones e incendios por parte de los pueblos nativos. Frente a esto, Pizarro nombró al capitán Francisco de Orellana capitán general de Portoviejo y Guayaquil; así, logró pacificar a los huancavilcas y volver a fundar Guayaquil en 1537, al pie del actual cerro Santa Ana. Todo esto, en nombre de Dios y del rey Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico. Acompañaron a Orellana en esta fundación una larga lista española, siendo designado Rodrigo de Vargas, alcalde ordinario; seis regidores cabildantes; Juan de Vargas, tesorero de Real Hacienda; Francisco Hernandez, escribano y el capitán Diego de Urbina, jefe de la plaza.

Luego de la partida de Orellana para cumplir la expedición al Oriente, regresaron los abusos por parte de los españoles, y por ende la reacción de los bravos huancavilcas. Frente a estos conflictos, Urbina salvó gente, armas y cajas reales, regresando tiempo después para reconstruir la ciudad en el mismo valle norte del cerro Santa Ana, en Mapasingue. Poco a poco los indígenas se fueron dispersando, sea por la amenaza de la viruela o por los tributos a ellos impuestos. Esto permitió que la ciudad goce de una estabilidad con la que garantizaba el punto de partida en el desarrollo agrícola, comercial e industrial, sin dejar de lado el mestizaje, característica particular de la conquista y la colonia. (I)