La vacunación preventiva es una de las medidas más importantes para que un animal o una ganadería no se enferme de fiebre aftosa. La aplicación de la vacuna no reduce la producción de leche, ni su calidad; no provoca abortos y protege a los terneros desde su nacimiento.

Es obligatorio vacunar a todos los bovinos cada seis meses. 

Luego de la vacuna a algunos animales lo único que les pasa por alrededor de unos 10 minutos es un poco de fiebre. Depende de las defensas de las reses.

Las vacunas son productos biológicos elaborados por laboratorios especializados que mantienen estándares de bioseguridad y calidad que garantizan la inocuidad de la vacuna una vez aplicada al ganado bovino.

La elaboración de las vacunas con el transcurrir del tiempo se ha perfeccionado, obteniéndose actualmente biológicos de alta pureza que eliminan las reacciones adversas.

Efectos adversos a la producción en el ganado bovino se dan principalmente por condiciones relacionadas con el manejo de los animales al momento de la vacunación, esto es: sometimiento a alta temperatura ambiental, instalaciones inadecuadas para el proceso de vacunación, aglomeración de animales en corrales donde pueden sufrir lesiones físicas y condiciones que eleven los niveles de estrés.

Actualmente se emplean vacunas fabricadas con base oleosa; éstas se utilizan en otros países que han erradicado la fiebre aftosa de sus territorios, tal es el caso de Colombia, Perú, Uruguay, entre otros. Las cepas empleadas en Ecuador son: A24 Cruzeiro y O1 Campos.