Solo un año y tres meses tenía el gobierno cuando se desató uno de los impasses más fuertes que tuvo Ecuador en el contexto regional. Se trató de una crisis diplomática con el vecino Colombia, originada por el bombardeo de la fuerza aérea de ese país a una base clandestina de guerrilleros de las FARC, en el lado ecuatoriano.

Ocurrió el 1 de marzo de 2008, en la zona de Angostura, provincia de Sucumbíos.

Una cuadrilla de helicópteros y aviones colombianos incursionaron en territorio ecuatoriano, atacando un campamento del grupo irregular, lo que ocasionó la muerte del entonces N° 2, Raúl Reyes, y de decenas de guerrilleros. También se produjo la muerte de ecuatorianos y, entre los heridos, se identificó a estudiantes mexicanos.

A pocas horas del suceso, el entonces presidente colombiano, Álvaro Uribe, notificó a su homólogo ecuatoriano, Rafael Correa, que se había registrado un enfrentamiento y una persecución con las consecuencias anotadas.

El Mandatario ecuatoriano, tras ordenar que se verificara la situación, protestó por la acción ya que no se trató de un enfrentamiento repentino sino de un ataque planificado que violó la soberanía nacional.   

De inmediato el problema fue trasladado a los canales diplomáticos, lo que derivó incluso en el rompimiento de las relaciones entre ambos países,  a lo que se sumaron acusaciones mutuas entre los dos gobiernos.

El litigio se atenuó cuando el 7 de marzo, tras una larga jornada de discusiones en el marco de la XX Reunión del Grupo de Río, en República Dominicana los mandatarios se estrecharon las manos, aunque el impasse no quedó totalmente resuelto.

En la cumbre, los gobernantes de Venezuela y Nicaragua apoyaron la postura ecuatoriana, mientras que los restantes países demandaron la pronta solución del problema.

En ese entonces, el mandatario colombiano pidió disculpas a su par ecuatoriano. Sin embargo, los problemas continuaron.

Al día siguiente, el presidente Rafael Correa denunció la incursión de grupos paramilitares de Colombia en territorio nacional y advirtió que tomaría extremas medidas de seguridad y respondería militarmente.

Debieron pasar cerca de 2 años para que el impasse diplomático se solucionara.

Hubo un primer diálogo entre los cancilleres de ambos países para allanar el camino del restablecimiento total de las relaciones; María Ángela Holguín (Colombia) y Ricardo Patiño (Ecuador) establecieron la hoja de ruta.  

El 7 de agosto de 2010, el presidente de Ecuador, Rafael Correa, asistió a la toma de posesión del mandatario colombiano, Juan Manuel Santos. (I)