Las autoridades de la casa de la Temperancia eran nombradas por la Junta de Beneficencia. Había un director (entre los conocidos está Mariano Estrella), un inspector y un guardia. Además, se contrataban mujeres para cocinar y encargarse del cuidado de los internos.

A las preocupaciones de salud pública se suma el concepto de “mal ejemplo” que tenía su peso en decisiones para la sociedad. Entre las personas recluidas —de las más conocidas y que crearon época— estuvo la primera mujer alcohólica ingresada en la Casa.

Por un tiempo el sitio estuvo cerrado y las tiendas que daban hacia la calle fueron arrendadas por 10, 8, 5 o 3 sucres, dependiendo del tamaño. Posteriormente, por la década de los 40, pasó a ser un reclusorio para delincuentes y, por corto tiempo, sanatorio para alienados mentales, que eran muchos en Cuenca. En los años 50 funcionó ahí otra institución benéfica: la Gota de Leche, para los recién nacidos cuyas madres pobres murieron en el parto o carecían de leche para alimentarlos, exclusivamente durante los 6 primeros meses de vida. Según testimonios fue cuartel de policía, luego de varios años el local estuvo vacío hasta que se lo restaura en 1978 para destinarlo al Museo de Arte Moderno de Cuenca.