El Instituto Nacional Mejía nació con la espada y el pensamiento imponente del Libertador Eloy Alfaro que forjó con su pluma el despertar de la Patria y su juventud. Fundado el 1 de junio 1897, es considerado el primer plantel laico de la capital y el segundo en el Ecuador.

En sus inicios el colegio funcionó en las instalaciones de la antigua escuela de los Hermanos Cristianos, mejor conocida como el Beaterio, el edificio estaba ubicado en la calle Benalcázar, en el Centro Histórico.

El Mejía formaba maestros, que posteriormente remplazarían a los religiosos, quienes monopolizaban la educación.

Inmediatamente el Mejía, como institución laica, abrió sus puertas a hombres y mujeres, cumpliendo la promesa de Alfaro por una educación igualitaria.

En las primeras décadas del siglo XX aumentó el número de estudiantes y la institución requirió una infraestructura más grande, de esta manera, el nuevo edificio se situó en su locación actual la calle Vargas y Arenas.

Así, se erigió el edificio central que se levanta incólume como símbolo de superación constante, a través del tránsito de generaciones, fraguadas en los crisoles del saber, la libertad, la democracia y el laicismo.

Por otro lado, el edificio sur originalmente funcionó como una escuela militar de ingeniería, la cual fue otorgada al ‘Patrón’, para que dé mayor acogida a los estudiantes que buscaban cupos en el colegio.

Los militares intentaron arrebatarle el inmueble, puesto que no era apto para la enseñanza, ya que el lugar no contaba con sillas, ni implementos de trabajo; pero la unidad y la resistencia de los alumnos se hizo sentir y recibieron clases en el piso.

En la década de los cincuenta finalizó la construcción de un edificio moderno, cuyas características conservaban un estilo colosal. El internado apareció así con la intención de albergar a jóvenes de provincia, pero el proyecto se canceló y las aulas se convirtieron en laboratorios.