Luego de la derrota sufrida en Yaguachi, el 17 de enero de 1912, las tropas alfaristas replegaron a Guayaquil, su centro de operaciones. Con la presencia de los cónsules de Gran Bretaña y Estados Unidos, el general Pedro J. Montero se comprometió a entregar las armas y dar fin a las hostilidades, a cambio de una salida pacífica y garantizada de los líderes liberales  radicales al país de su conveniencia. Pero con una tropa nacida en las montoneras era difícil dar cumplimiento al acuerdo de la entrega de armas, por lo que las autoridades militares del Puerto Principal optaron por apresar a los cabecillas: Eloy Alfaro, Flavio Alfaro, Medardo Alfaro, Pedro J. Montero, Luciano Coral, Ulpiano Páez y Manuel Serrano. Efectivamente, los siete líderes del liberalismo radical fueron detenidos y encerrados en el edificio de la Gobernación del Guayas.

El primero en ser ajusticiado por una turba guayaquileña fue Pedro J. Montero. El 25 de enero, un tribunal militar le sentenció a 16 años de cárcel, pero el pueblo quería linchar al Tigre de Bulu-bulu, antes que tenerle tras las rejas. El condenado solicitó el paredón -luego de la despedida de sus familiares-, pero la furia popular no esperó. El sargento Alipio Sotomayor, miembro del Batallón No. 1 Guayaquil, dio un tiro certero en la frente de Montero, inmediatamente la turba le arrastró y le quemó frente a la iglesia de San Francisco.

Luego de este linchamiento, llegó la orden de trasladar a Quito a los detenidos. Esta orden fue cumplida a cabalidad por el coronel Alejandro Sierra y sus soldados del batallón Marañón, quienes embarcaron a los condenados en un tren expreso la madrugada del 26 de enero. Al anochecer de ese día llegaron a Alausí, hospedándose en casa de la familia Catani, para continuar el viaje al amanecer del día siguiente.

Aquellos desdichados liberales debieron llegar a Quito la madrugada del lunes 28 de enero, pero las piedras en el camino, daños en la vía y dos horas de espera en Latacunga, hicieron que el último viaje sea más largo y penoso. Pero al fin llegaron a la estación de Chiriyacu, parada anterior a Chimbacalle, y de allí al panóptico, aquel infierno donde les esperaba una turba con la sangre en el ojo.  Hordas salvajes ingresaron a las celdas con la mayor facilidad, dado que el coronel Sierra negó doblar la guardia y con un saludo militar se retiró diciendo que su misión había concluido con el ingreso de los presos al panóptico. Los pocos soldados que se quedaron, se convirtieron en meros espectadores de la crueldad con que la turba desbordaba. El primero en agredir a Eloy Alfaro fue el cochero Cevallos, corriendo con la misma suerte los otros jefes liberales. Luego fueron arrastrados por la calle Rocafuerte hasta la plaza de Santo Domingo y de allí al parque El Ejido, escenario de la pira.

Alcohol y furia se juntaron en esta barbarie. De lo poco que quedaba de aquellos cuerpos desfigurados, algunos vecinos piadosos fueron a enterrarles en el cementerio de San Diego. Cuatro años más tarde, la junta directiva de la Sociedad Funeraria Nacional encontró los restos de Alfaro en una caja de niño. Aquellos restos mortales del Viejo Luchador fueron trasladados en 1921 al mausoleo familiar en Guayaquil, y en noviembre de 2007, parte de sus cenizas fueron a parar en el mausoleo de la Ciudad Alfaro, sede de la Asamblea Constituyente instalada en Montecristi.

A los 109 años de la muerte del Viejo Luchador, nunca dejó de sonar las razones de su muerte. El historiador Enrique Ayala Mora manifestó alguna vez que “las bases del alfarismo lo abandonaron”. Por otro lado estaba la Iglesia y los conservadores como los enemigos declarados. Pero el actor principal de aquel hecho sangriento fue el pueblo en sí, un pueblo que sobrepuso la indignación por tantas guerras intestinas y tantas conspiraciones, sobre las grandes obras dedicadas al desarrollo nacional de la época.

En cuanto a la mitad de las cenizas de Alfaro en Montecristi, eso fue uso político del Viejo Luchador, nada más.