En 1843,  Juan José Flores  asumió, por segunda ocasión, la Presidencia del Ecuador, para un mandato de cuatro años. Sin embargo, al poco tiempo se declaró jefe supremo y, de inmediato,  convocó a una Asamblea Constituyente  (compuesta en su mayoría por empleados del propio Estado y oficiales extranjeros) para que expida la tercera Constitución, que le permitiera gobernar de acuerdo con su ideología conservadora.

No hay que olvidar que Flores era el representante de los sectores poderosos de la Sierra y que la Constitución  que se emitió durante el gobierno de Rocafuerte tenía un cariz  que se acoplaba con los sectores pudientes y liberales de la Costa.

Pues  bien,  esta tercera Constitución, mejor conocida como Carta de la Esclavitud, fue  la causante de una guerra que duró tres meses y, paradójicamente, sacó a Flores de la vida política del país. Nunca más volvería a ejercer la Presidencia. ¿Qué era lo que esta nueva Carta Política estipulaba y  que provocó tamaña reacción de los  liberales de Guayaquil, encabezados por Vicente Ramón Roca, Diego Noboa y José Joaquín de Olmedo?

El asunto era que   incrementaba el período presidencial y de los representantes a ocho años, así como el de    los senadores a doce. Además, se expidió una ley por la cual todo hombre desde los 23 hasta los 55 años debía pagar tres pesos con cuatro reales al fisco. Y  para que una persona fuera considerada ciudadana de este país, tenía que demostrar que poseía propiedades por un  valor mínimo de 3.000 pesos o una renta de 300 pesos. 

Obviamente, los liberales  no protestaban tanto por los requisitos que la nueva Constitución imponía para ser considerados ciudadanos (la mayoría de ellos poseía  bienes o dinero);  la protesta iba más bien por el lado del tributo; pero, sobre todo, por el incremento del período presidencial. Los alzados sostenían que Flores quería perennizarse en el poder.

Así las cosas, la rebelión se inició el 6 de marzo  de 1845, cuando las tropas, lideradas por Antonio Elizalde y Fernando Ayarza, se tomaron el cuartel en Guayaquil, desconociendo al presidente en funciones y formando un gobierno provisional, dirigido por  Vicente Ramón Roca, José Joaquín de Olmedo y Diego Noboa.

Esta victoria de los revolucionarios motivó, por parte de Flores, una feroz represión en  el país a los grupos que apoyaban a los rebeldes. La figura de José María Urbina surge desde Manabí en apoyo a los sublevados. Los combates se trasladan a los alrededores de Babahoyo, porque  las fuerzas gobiernistas se habían agrupado en la hacienda Elvira,   propiedad de Flores; pero fueron cercadas por las tropas insurrectas.

Ante esto, a Flores no le quedó más que aceptar un  acuerdo, que se conoce como Tratado de la Virginia, porque se firmó en la hacienda, del mismo nombre, que perteneció a José Joaquín de Olmedo. Este acuerdo le permitió a Flores exiliarse en Europa, conservando su jerarquía y su sueldo.

Tras el convenio de la Virginia se instauró oficialmente el gobierno provisorio que se había formado en Guayaquil con anterioridad. Este hecho marcaría el inicio de una nueva forma de gobierno en el país, de carácter civilista-militar, conocida como período marcista.

El triunvirato de José Joaquín de Olmedo, Vicente Ramón Roca y Diego Noboa gobernó hasta  diciembre de 1845 y convocó la Convención Nacional que  redactó la cuarta Constitución, por la cual se anuló el Tratado de la Virginia.

Esto provocó que Flores quisiera invadir el país, pero el asunto no prosperó. El 8 de diciembre, cuando se eligió para la Presidencia a Vicente Ramón Roca, se inició la etapa civilista que duró cinco  años, hasta la llegada del general José María Urbina al poder, quien restauraría  el militarismo (aunque en este caso totalmente nacional, a diferencia de la etapa floreana, cuando las tropas eran, en su mayoría, extranjeras).

El período marcista duraría hasta 1861, cuando llegó a la Presidencia  Gabriel García Moreno. Este hecho hizo que, nuevamente,  los conservadores se hiciesen con el poder.

El levantamiento marcista está considerado como la primera revolución nacionalista en Ecuador y una especie de prólogo para la Revolución Liberal de 1895.