El Municipio porteño -en septiembre de 1929- estableció que la ciudad fue creada por Francisco de Orellana el 25 de julio de 1537, en el cerro San Ana. Las bases sobre las que se sustentó esta resolución sin embargo no eran firmes.

Investigaciones posteriores realizadas por los académicos Dora León Borja y Adam Szaszdi permiten colegir que la fundación española de la actual Guayaquil la efectuaron Diego de Almagro y Sebastián de Benalcázar (en nombre de Pizarro), el  15 de agosto de 1534 en el  sitio llamado Cicalpa -cerca de la laguna de Colta, en la jurisdicción Liribamba (Riobamba)-, con el nombre de Santiago de Quito.

La creación del cabildo en un sitio tan alejado de la actual Guayaquil se explica, señala el historiador Eduardo Villacrés, porque esa acción les permitió -tanto a Benalcázar como a Almagro- ganarle la partida a Pedro de Alvarado que avanzaba desde las costas de Manabí para tomar para sí -y para la corona de España- los nuevos territorios.

En el primero de los varios traslados que tuvo la Ciudad de Santiago Benalcázar trasladó a las tierras bajas -región de los chonos, en el sitio Chilintomo, cerca del señorío de Guayaquile- asegurando así la posesión del litoral con el propósito de mejorar las comunicaciones entre Quito y el mar “... por donde se podían recibir los refuerzos de hombres y materiales”, sostienen León y Szaszdi.

A finales de 1535, antes de partir, Benalcázar, con la ayuda del cacique Guayaquile, asienta Santiago en el Estero de Dimas, junto al río Amay (río Babahoyo). Pero este emplazamiento es atacado y destruido por los chonos -cansados de los abusos de los conquistadores-.

Francisco Pizarro ordena que se reubique la ciudad en otro sector.  El punto  escogido es el sitio Chaday, (río Yaguachi). Aunque el lugar fue abandonado al poco tiempo, desde ahí se identifica a Santiago con el   nombre del señorío (Guayaquile).

Santiago de Guayaquil fue fundada por Almagro y Benalcázar el 15
de agosto de 1534Para asentar la ciudad en otro lado, Francisco de Orellana fue enviado por Pizarro para que buscara un nuevo emplazamiento para la Ciudad de Santiago. Esta vez se escogió el sector conocido como La Culata, en Lominchao (cerro Santa Ana).

Pero ante las hostilidades indígenas, el teniente gobernador Diego de Urbina, en mayo de 1542, decidió un nuevo traslado hacia la parte occidental del actual río Daule (norte de la ciudad de Guayaquil), este lugar fue destruido por los huancavilcas.

Por lo que Urbina en 1943 la desplaza al mismo lugar donde Sebastián de Benalcázar (ocho años antes) la había establecido por primera vez. La ciudad fue asentada formalmente con el nombre de Santiago de Guayaquil, en memoria del pueblo originario de aquel lugar.

En 1547, la ciudad se estableció definitivamente en el cerro Santa Ana, desde donde se expandió. Lo anterior trata de ubicar cronológicamente los trece años transcurridos, desde su fundación, en 1534 hasta su definitivo emplazamiento en 1547.

Subrayando, como señala el historiador Eduardo Villacrés, que todavía se investiga esta parte de la  historia de la ciudad. La arqueología tiene mucho que decir al respecto.

Por ejemplo, que la denominación de “ciudad” otorgada a  Santiago de Quito  alude a la división política usada en ese momento por la corona española. Una ciudad tenía un equivalente mayor al de villa. Eso correspondería a que Guayaquil sería la segunda ciudad fundada por los españoles en América del Sur, después de San Miguel de Piura y la tercera sería Quito, expresa el ingeniero Villacrés.

Guayaquil sería la segunda ciudad fundada por los españoles en América del Sur, luego de PiuraSin embargo, parafraseando lo expresado, por el presidente Correa en su discurso de homenaje a la ciudad,  el año anterior. Estos territorios, ya estaban “ocupados y fundados” por pueblos con culturas milenarias  (Sumpa, Valdivia, Huancavilcas, Puneños, Guayaquiles). Lo que se celebra en este día solo es la fundación de una ciudad por conquistadores que no planeaban, precisamente, encuentros culturales o intercambio de ciencias, sino conquista, opresión y colonización.

El ingeniero Villacrés manifiesta que su posición se fundamenta en los estudios hechos por Miguel Aspiazu Carbo, contenidos en su libro “La fundación de Guayaquil”, donde se formula, por primera vez la hipótesis de que la verdadera fecha de  fundación de Guayaquil fue en 1534, reafirmada luego por las investigaciones de la doctora Dora León y Adam Szaszdi.

“Cuando efectuaban una fundación los españoles creaban un cabildo, lo que no significa repartir solares o levantar casas. Estos españoles crearon el cabildo Santiago de Quito, porque Quito se llamaba el territorio de lo que hoy es Ecuador”, reafirma el historiador Villacrés.