Dante bien pudo escribir acerca de Bonifacio VIII, el último papa que intenta imponer la autoridad eclesiástica sobre los monarcas, "mi pluma lo condenó", porque en la Divina Comedia, escrita en el 1300, tres años antes de que muera este papa, del que era vox populi que sacaba buen provecho de la compra de la silla de san Pedro, lo pone patas arriba en el infierno.
La confrontación se da cuando el rey Felipe IV, el Hermoso, decreta un impuesto al clero de Francia. Bonifacio VIII emite una bula en la que prohíbe, bajo pena de excomunión, que sin su consentimiento se pueda cobrar impuestos a los miembros de la iglesia. Felipe IV responde bloqueando las exportaciones a Roma. El papa cede.
Poco después, Felipe IV acusa de traición a Bernard Saisset, obispo de Pamiers, y ordena su detención. Con este acto pretende imponer su autoridad sobre los miembros de la iglesia, que solo aceptan la del papa.
Bonifacio VIII emite la bula, "escucha hijo", que es quemada por orden del rey y que además hace circular una falsa. El papa responde convocando a un concilio que debe condenar a Felipe IV por abusos en contra de la iglesia. El rey acusa al papa de herejía y simonía y prohíbe al clero francés asistir al concilio.
El papa emite una bula en la que sostiene que su autoridad es suprema y que todo hombre, para salvarse, le debe obediencia. Felipe IV ordena capturar al papa y trasladarlo a París para ser procesado.
Buscando protegerse, Bonifacio VIII se traslada a Anagni, desde donde piensa emitir la bula de excomunión contra Felipe IV, pero durante tres días es secuestrado y humillado por las fuerzas del rey en la residencia papal de esta ciudad.
El pueblo de Anagni se rebela y Bonifacio VIII, luego de ser liberado, huye a Roma, donde fallece poco después; con él muere también la tesis del dominio universal de la iglesia y triunfa el poder de las recién nacidas monarquías nacionales de Europa.
Más adelante, Felipe IV se las amaña para tener bajo su férula al papado. Para ello, Guillermo de Nogaret, su consejero real y uno de los personajes más siniestros de la historia, envenena al siguiente papa, Benedicto XI.
En 1305, luego de once meses de intensas disputas, el cónclave de Perugia nombra papa al arzobispo de Burdeos, quien toma el nombre de Clemente V y traslada su residencia a la ciudad francesa de Aviñón.
Este papa es tan sumiso al rey que nombra cardenales del círculo real y bajo su pontificado es eliminada la orden de los Caballeros del Temple, que con las armas defendía la religión.