Uno de los problemas ambientales críticos del país es la contaminación del agua. En Guayaquil, parte del problema es la degradación del Estero Salado que se conecta con el río Guayas (unión de los ríos Daule y Babahoyo) y el Golfo de Guayaquil, que desembocan en el océano Pacífico. Dado que los ecosistemas acuáticos están interconectados, la contaminación del manglar y de los ríos termina afectando al océano provocando consecuencias en la calidad del agua y especies acuáticas.
En el caso del Estero Salado, la contaminación proviene de las descargas de aguas residuales, de las zonas urbanas, tanto industriales y domésticas. En las primeras, las empresas, a orillas del Estero Salado, sumaban 929, de las cuales el 42% es de industrias.
De este total, el 63% corresponde a las que elaboran productos alimenticios y bebidas que descargan más aguas residuales. El Municipio de Guayaquil, a cargo del control de la contaminación acuática, impone multas y clausuras a las empresas que incumplen la norma ambiental y el Ministerio del Ambiente hace lo mismo. A esto se suman las descargas de aguas residuales de viviendas de urbanizaciones, cercanas al estero, también monitoreadas por el Municipio.
En el caso del río Daule, dicho Ministerio informó que de las 200 empresas que descargan residuos solo el 25% tiene licencia ambiental. Las viviendas de los cantones Balzar, Daule y Nobol depositan residuos sólidos al río. Pero, además, estas ciudades no tienen plantas de tratamiento de aguas servidas y a eso se agregan los residuos de agroquímicos y pesticidas utilizados en la agricultura, los que son depositados al río, contaminándolo.
Además, en el Golfo de Guayaquil hay camaroneras que descargan aguas residuales que contienen antibióticos, químicos y detritos que contribuyen a la contaminación acuática. En suma, hay descargas de aguas industriales, residuos de químicos y antibióticos que están contaminando dicho golfo que a su vez van a parar al océano Pacífico poniendo en riesgo el agua, la fauna marina y organismos acuáticos. Recientemente se publicó el Índice de Salud de los Océanos y el país iguala media mundial, pero como este es ponderado, está por debajo del promedio en protección costera, biodiversidad y aguas limpias.
Con la degradación de los mares y océanos y, por otro lado, la sobrepesca del mar, el calentamiento global, así como la falta de oxígeno en ciertas áreas, se está afectando el ecosistema marino con la extinción de especies y, en consecuencia, la seguridad alimentaria proveniente de estas fuentes. Las medidas para enfrentar la contaminación acuática deben ser integrales.
Tiene que controlarse la contaminación desde su origen (en esteros, manglares y ríos) para frenar el impacto de la degradación marina. Una vía son las áreas marinas protegidas, la aplicación de estándares ambientales para las aguas residuales para frenar sus vertidos, la participación de las comunidades y autoridades locales de las zonas marinas, control de la pesca, etc. Esta contaminación afecta no solo la calidad del agua sino, además, la alimentación futura.