Uno de los sueños de Darwin y de los evolucionistas de su época fue llegar a comprender los mecanismos complejos de la evolución. La genética proporcionó los instrumentos moleculares para entender la evolución en lo que se conoce ahora como la teoría sintética de la evolución (unión de la teoría tradicional con la genética). Pero la propia genética se ha desarrollado de forma vertiginosa, apareciendo nuevas ramas afines, una de ellas la genómica, es decir el estudio del conjunto de genes de una especie y sus funciones. Por extensión, el uso de la genómica o el conocimiento de secuencias genéticas completas para entender la historia evolutiva de los organismos y su proceso de especiación se denomina filogenómica.
Para el desarrollo de esta nueva rama del saber deben congregarse varias disciplinas, como estadística, bioinformática, matemáticas con diseño de nuevos algoritmos interpretativos de los gigantescos datos genéticos, caso contrario, los resultados del árbol de la vida pondrían ser erróneos. En principio se comparan genes, se agrupan por similitudes y se ubican los que descienden de genes ancestrales; en suma, se realiza un rastreo de las huellas comunes que dejan los genes en todas las especies.
En este campo hay mucho por hacer. Por ejemplo, el 90% de insectos está por ser descubierto, en los mares la cantidad de organismos y microorganismos es monumental, las bacterias que conviven en el ser humano son tantas como estrellas conocidas. Se descubrieron en el fondo marino 3 mil organismos nuevos y ya está completamente secuenciado su genoma y en proceso de comparación. A través de la filogenómica hoy sabemos con certeza que los artrópodos (el 85% de las especies) son parientes de los onicóforos, originados hace unos 600 millones de años.
De igual manera los estudios de filogenómica tratan de desentrañar la discusión evolutiva del ancestro común. Los moluscos han mostrado que tienen un ancestro común, lo que refuerza más la teoría monofilética de la evolución y desecha cada vez más las teorías multifiléticas (las especies se originan en varios ancestros).
Pero la filogenómica no lo tiene todo fácil. Muchos fenómenos biológicos y genéticos cruzan genes, los aíslan o los promueven, sin que se encuentren representantes comunes en especies, así como muchos organismos que debieran ser analizados no se los incluye porque no se conoce su genoma, por lo que el trabajo es arduo para entender nuestro origen molecular, genético, filogenético y aproximarnos a entender el origen material de la vida.