Constituida la nueva Junta Suprema de Gobierno, Montúfar informó de ello al resto de ciudades del país quiteño y las invitó a formar también Juntas locales que colaborasen con la de Quito. Las ciudades menores reconocieron a la nueva Junta, pero no lo hicieron las mayores, Cuenca y Guayaquil, que se unieron al virrey peruano Abascal para hacer la guerra a la Junta.
A su vez, el Consejo de Regencia español, que había nombrado a Montúfar como Comisionado Regio, ahora nombró al jefe naval Joaquín Molina como nuevo Presidente de Quito, por recomendación de Abascal. La guerra se hizo inevitable. Montúfar asumió la jefatura general y marchó hacia el sur, a la vez que nombró a su tío Pedro para que marchara al norte y enfrentara a las fuerzas del gobernador de Pasto, Miguel Tacón.
Montúfar triunfó en Guaranda, el 31 de diciembre de 1810, sobre la avanzada de las fuerzas limeñas de Molina, tomando su artillería y armas. Y luego siguió hacia el sur, con ánimo de tomar Cuenca. Triunfó en Paredones el 17 de febrero de 1811, pero luego se frenó, en busca de someter a Cuenca por una solución política.
Por entonces surgieron problemas políticos y sociales que minaron la acción de Montúfar. En Quito, el bando ‘sanchista’ proponía una total independencia de España y la formación de una república, mientras que el bando ‘montufarista’ buscaba una autonomía gubernativa, pero reconociendo al rey español.
Esto tuvo efectos militares, pues los ‘sanchistas’ abandonaron el ejército del sur, a la vez que huían los indígenas cargadores de armas y vituallas. Debilitado internamente, Montúfar se retiró hacia Quito, donde los ‘sanchistas’ lideraban a los grupos populares y montaban sucesivos motines. Uno de ellos derrocó de la presidencia de la Junta al conde Ruiz de Castilla, por lo que pasó a presidirla el obispo Cuero y Caicedo. Más tarde, Ruiz de Castilla fue asesinado en otro motín y el mismo Carlos Montúfar fue derrocado del mando militar por sus enemigos.
Buscando una salida política, ambos bandos convocaron al Congreso de Pueblos Libres de la Presidencia de Quito, que se instaló el 11 de diciembre de 1811 y constituyó el Estado independiente de Quito; también desconoció al Consejo de Regencia y reconoció solo la autoridad del rey. El 15 de febrero de 1811 se aprobó la Constitución Quiteña de 1812, que instituía una república con un gobierno de tres poderes.
Entretanto, avanzaban desde el sur las fuerzas del nuevo presidente de Quito, Toribio Montes, nombrado por gestión del virrey del Perú. Montúfar, liberado ya de su función de Comisionado Regio, reasumió su papel de combatiente quiteño y lideró a las fuerzas patriotas que vencieron en Chimbo, en julio de 1812, aunque luego fueron derrotadas en Mocha y se replegaron a Los Chillos.
En noviembre, sus tropas fueron derrotadas otra vez en El Panecillo y él se retiró con ellas hacia el norte, perseguido por las fuerzas de Sámano. Se hizo fuerte en San Antonio de Ibarra, de donde fue desalojado, y luego se retiró a Yahuarcocha, donde se produjo la derrota final de los patriotas ante las fuerzas de Sámano y otras tropas llegadas del Perú por el oriente.
Francisco Calderón y otros jefes vencidos fueron fusilados de inmediato en Ibarra. Montúfar, herido en combate, fue escondido por la capitana María Larraín, aunque finalmente fue capturado también y desterrado a España. (O)