Afines del siglo XIX, también las fuerzas conservadoras del área coordinaban sus acciones contrarrevolucionarias, en especial los gobiernos de Bogotá y Quito, que mantenían una estrecha colaboración mutua y cruzaban información con el gobierno español, cuyos agentes vigilaban estrechamente a los revolucionarios cubanos y a sus colaboradores en los diversos países. Fue así que Eloy Alfaro, identificado ya como el jefe de esa internacional revolucionaria, fue expulsado de la provincia de Panamá por el gobierno colombiano de Rafael Núñez, a petición del gobierno ecuatoriano de Antonio Flores Jijón.
Nuestro personaje pasó entonces a Costa Rica y desde ahí emprendió una nueva gira política que lo llevó a Nueva York, San Francisco de California, México, El Salvador y finalmente Nicaragua. Aquí lo esperaba un honroso decreto de la Asamblea Nacional nicaragüense, por el cual se le otorgaba el grado de "General de División del Ejército de la República". Cinco meses después, Alfaro recibía desde Guayaquil el aviso de que había sido proclamado Jefe Supremo de la República del Ecuador, por lo que regresó de inmediato a su país.
Una vez en el poder, Alfaro se empeñó en cumplir con las obligaciones que le imponía el "Pacto de Amapala". Es conocido su intento de enviar tropas ecuatorianas a pelear por la independencia de Cuba, así como sus gestiones políticas ante el gobierno español. También es conocido su apoyo a la lucha de los liberales colombianos, que, entre otras cosas, implicó la entrega de 50 mil libras esterlinas por parte del Gobierno del Ecuador al general Benjamín Herrera, en 1901, para la adquisición del vapor “El Salvador”, que sería usado por los liberales colombianos en su lucha.
El apoyo de Alfaro a la revolución colombiana no sólo se justificó en los ideales comunes y la fraternidad masónica, sino también en la activa colaboración que el gobierno conservador de Colombia, presidido por Miguel Antonio Caro, brindó a los conservadores ecuatorianos, amparándolos en su territorio, brindándoles apoyo económico y entregándoles una franja fronteriza para que desde ahí incursionaran contra el Ecuador. Alfaro, por su parte, dio protección territorial y entregó apoyo económico y armas a los revolucionarios colombianos, con miras a que estos lograran abrir un corredor en el frente sur para abastecer por ahí a sus tropas del Cauca.
Igual cosa hicieron entonces los gobiernos liberales venezolanos, que proveyeron de armas, recursos y apoyo logístico a los liberales del departamento de Santander. Y el nicaragüense Zelaya ayudó a la fuerza liberal colombiana de Belisario Porras, que incursionó en Panamá desde Centroamérica, con ánimo de abrir un nuevo frente de guerra contra el gobierno de Bogotá.