El control de la Penitenciaría del Litoral es uno de los mayores retos para el Gobierno Nacional. En la actualidad siete bandas, ligadas a supuestas actividades delictivas, controlan ingresos y pabellones completos en la cárcel ubicada en Guayaquil. 

La Policía Nacional ha identificado a los grupos que operan en los recintos de máxima, media y mínima seguridad. 

En los sectores de máxima seguridad, que engloban a los pabellones 1, 2, 3 y 4, se encuentran las personas detenidas por delitos como asesinato y tráfico de drogas. Los pabellones 1 y 4 están dominados por miembros de los Latin Kings, con 'Alias Diablo' a la cabeza. El pabellón por los Chone Killer y manejado por 'Alias Ben 10', quien salió en libertad el 31 de mayo de 2022. El 3 es dominado por los Fatales, con 'Alias Cebolla'.

En la sección de mediana seguridad se encuentran los pabellones 5 al 8. En el quinto se encuentran los Choneros, con 'Alias Fito'. En el sexto se ubican miembros de las Águilas y los Choneros, con los liderazgos de 'Alias Junior' y 'Alias Esteban'. En el séptimo están más miembros de los Choneros y en el octavo dominan los 'Tiguerones', con 'Alias Willy', como líder. 

En los pabellones de mínima seguridad, en donde se reportaron los incidentes de este míercoles 5 de octubre de 2022. En el noveno están Los Lobos con 'Alias Pipo', como cabecilla. En el décimo están los Choneros, con 'Alias Shamir'. En el 11 se encuentran Latin Kings, con 'Alias Diablo', como líder y finalmente el 12, con miembros de los Choneros aliados con 'Alias Fito'.

Las mayor parte de las organizaciones derivan del vacío en el liderazgo de los Choneros que dejó Jorge Luis Zambrano, 'Alias Rasquiña', quien fue asesinado en Manta el 20 de diciembre de 2020. Las muertes producidas desde entonces en los centros de privación de libertad del Ecuador derivan de los enfrentamientos de estas bandas por el control de espacios para el narcotráfico y algunas serían financiadas por cárteles mexicanos, según investigaciones de la Policía Nacional.