El emperador Federico II se cría en Palermo, donde las culturas musulmana, bizantina y europea se entremezclan y mantienen contra el papado una lucha sin cuartel. Habla y escribe cultamente en siete idiomas, por lo que lo llaman stupor mundi, el asombro del mundo, que lo dice todo.
En 1220, a la edad de 25 años, el papa Honorio III lo corona emperador del Sacro Imperio Germánico Romano; a cambio, él debe ceder derechos en Sicilia, perdonar las deudas de la iglesia y comandar una cruzada para liberar Jerusalén, ocupada por impíos. Lo excomulgan por no cumplir este último compromiso. El papa Gregorio IX lo llama anticristo y convoca a una cruzada en su contra, que no cuenta con el respaldo de los monarcas europeos.
Para cumplir la palabra empeñada, en 1228 parte para Tierra Santa. Gregorio IX se encoleriza, pues no concibe que la lucha contra los musulmanes la encabece alguien que ha sido excomulgado y que no le pide autorización para ello, por lo que nuevamente lo excomulga.
Federico II, que a la sazón está casado con la princesa Yolanda, heredera del reino por conquistar, negocia con los musulmanes y en 1229 es reconocido rey de Jerusalén. Ante este anatema, Gregorio IX monta en cólera infinita, no puede aceptar que en lugar de pelear por la fe, parlamente con el enemigo de Dios.
Pero los innegables éxitos del emperador conminan al papa a firmar la paz en 1230. Los múltiples problemas que surgen en Italia obligan a Federico II a abandonar la cruzada. Luego de retornar y derrotar en la batalla de Cortenueva al ejército de los aliados del papa, es nuevamente excomulgado. El papa convoca a un concilio para deponerlo; Federico II impide su realización encarcelando a un centenar de delegados. Gregorio IX fallece.
Deviene un breve período de paz en el que Federico II funda la universidad de Nápoles, que ahora lleva su nombre, reedita el derecho romano, acuña las primeras monedas de oro del imperio, abole leyes aduaneras que obstaculizan el comercio y faculta la elección de representantes a los consejos de las ciudades.
El nuevo papa Inocencio IV, su enemigo acérrimo, por temor se refugia en Francia, convoca al concilio de Lyon, que depone al emperador excomulgándolo a él y cualquiera que lo apoye, y dispone que desde todo púlpito se predique en su contra.
Desde entonces, Federico II mantiene una guerra encarnizada y violenta en contra del papado e incluso planifica fundar una nueva religión cristiana, pero en 1250 la muerte sorprende a este autoritario gigante del Medioevo.