Otro sector fundamental de la Revolución Alfarista fue la intelectualidad radical. Este grupo social, de carácter pequeño-burgués, carecía de la fuerza social del grupo “machetero” y del poder económico de la burguesía liberal, pero poseía a cambio el poder de la cultura, indispensable a la hora de construir un nuevo Estado sobre las ruinas del viejo régimen.
En general, sus miembros provenían de las “buenas familias” de provincia y habían recibido la mejor educación posible. La mayoría de ellos seguía las ideas liberales de Juan Montalvo. Otros, como José Peralta, Abelardo Moncayo y Luciano Coral, se habían formado para sacerdotes y abrazado luego la causa del radicalismo. Otros más, como Emilio María Terán, eran hombres de origen conservador y buena formación intelectual, a quienes el patriotismo y la búsqueda de un país mejor habían arrastrado a la revolución. Muchos eran masones o librepensadores.
Además de los nombrados, destacaban en este sector Emilio Arévalo, José Benjamín Peralta y Gabriel Ullauri (Azuay), Adolfo Páez, Facundo Vela, Rafael Poveda, José M. Pozo y Miguel Durango (Bolívar), Rafael Aguilar y Rogelio González (Cañar), Mariano Oña, Belisario Andrade, Miguel Aristizábal y Luciano Coral (Carchi), Javier Dávalos, Pacífico Villagómez, Alfredo Monge y Emilio Uquillas (Chimborazo), Sebastián Vásconez y Aurelio Subía (Cotopaxi), Ángel Serrano (El Oro), Modesto Chávez Franco, Domingo Elizalde V., Eleodoro Avilés, Aurelio Noboa y José de Lapierre (Guayas), Roberto, Julio y Carlos Andrade, Fco. Hipólito y Abelardo Moncayo, Alejandro Villamar y Rafael Rosales (Imbabura), Manuel Benigno Cueva, Manuel E. Rengel, José M. Ayora y Manuel R. Valarezo (Loja), Felicísimo López, Camilo Andrade y J. P. Intriago (Manabí), Lino Cárdenas, Belisario Albán Mestanza, Modesto Peñaherrera, Abelardo Montalvo y Fidel García (Pichincha), Julio Fernández, Celiano Monge, Abel Pachano, Isaac Viteri, Augusto, Luis y Nicolás Martínez (Tungurahua).
Ellos dieron sustento ideológico a la revolución de 1895 y construyeron el nuevo Estado laico, con leyes, instituciones y órganos destinados a reemplazar las viejas estructuras del Estado gamonal.
En enero de 1906 fueron los radicales de Guaranda y Riobamba quienes iniciaron la segunda revolución alfarista, destacándose en ello Facundo Vela, León Palacios y Francisco Calero (Bolívar) y Pacífico Gallegos, Julio Román y Emilio María Terán (Chimborazo). A ellos se sumaron José Peralta (Azuay), Rafael Aguilar (Cañar) y Emilio Arévalo (Guayas). También la apoyaron jefes militares radicales, como Nicanor Arellano (Carchi), Carlos Concha (Esmeraldas), los coroneles Martínez, Rugel y Figueroa (Guayas), Virgilio Guerrero (Loja), Benicio Mejía (Manabí) y José Ignacio Holguín (Tungurahua).