La versión sanmartiniana sobre lo ocurrido en Guayaquil está contenida básicamente en las dos cartas que el Protector del Perú escribió sobre el tema y también en las confidencias que hizo a sus amigos y colaboradores. Hay, además, una carta supuestamente dirigida por San Martín a Bolívar el 29 de agosto de 1822, que algunos consideran auténtica y otros apócrifa.
Siguiendo un orden cronológico, la primera de esas cartas fue la que San Martín dirigió al general Guillermo Miller, un británico que fuera su colaborador y edecán, el 19 de abril de 1827, en respuesta a otra carta de este, en que le solicitaba informaciones sobre su labor en el Perú y sobre la logia masónica de Buenos Aires.
En esa carta le decía que su viaje a Guayaquil “no tuvo otro objeto que el de reclamar del general Bolívar los auxilios que pudiera prestar para terminar la guerra del Perú, auxilios que una justa retribución lo exigía por los que el Perú tan generosamente había prestado para libertar el territorio de Colombia”.
Señalaba que Bolívar le ofreció un apoyo de solo tres batallones y que esto le pareció insuficiente, pues pensaba que la independencia del Perú requería el apoyo “de todas las fuerzas de Colombia”. Y confesaba que fue entonces que decidió “hacer el último sacrificio en beneficio del país”, diciendo al Libertador que se retiraría del Perú apenas se instalara el Congreso ya convocado, añadiendo: “Ahora le queda a Ud., general, un nuevo campo de gloria en el que va Ud. a poner el último sello a la libertad de la América”.
Veintiún años más tarde, San Martín volvió a tratar el tema, esta vez en una carta de respuesta que dirigió al mariscal Ramón Castilla, entonces Presidente del Perú. Escribió en ella que le habría sido satisfactorio concluir su vida pública con la total independencia del Perú, pero que la entrevista con Bolívar le convenció “de que el solo obstáculo para su venida al Perú con el ejército de su mando, no era otro que la permanencia del General San Martín, a pesar de la sinceridad con que le ofrecí ponerme bajo sus órdenes con todas las fuerzas de que yo disponía. Si algún servicio tiene que agradecerme la América, es el de mi retirada de Lima…”, agregó el libertador del Sur.
Como puede verse, la versión de San Martín pone énfasis en un hecho traumático para él, cual habría sido la resistencia de Bolívar a comprometer todas sus fuerzas para la campaña del Perú y a aceptarlo como su segundo en el mando de la misma, que el Protector atribuía a una ambición exclusiva de gloria por parte del Libertador. Pero la versión de Bolívar contradice esto, pues asegura que San Martín no pidió ninguna ayuda y se limitó a declararse fiel amigo de Colombia y apoyar el proyecto de federación de los nuevos Estados hispanoamericanos.
En realidad, una revisión de la correspondencia de Bolívar muestra que San Martín tenía razón en sus apreciaciones, puesto que el Libertador, desde tiempo atrás, venía tomando medidas para una eventual incursión libertadora en el Perú. Empero, según parece, eso estuvo estimulado por el hecho de que San Martín no había logrado vencer a los españoles en ese país, lo que el Libertador veía como un peligro para todos los nuevos Estados sudamericanos.