Tras la proclamación de su independencia, Guayaquil tuvo que enfrentar la amenaza de las fuerzas españolas acantonadas en la Sierra, para lo cual solicitó ayuda al gobierno peruano del Protector San Martín –cuya flota dominaba las aguas del Pacífico Sur– y al gobierno colombiano del Libertador Simón Bolívar, al tiempo que organizaba un pequeño ejército propio, a base de los cuerpos regulares acantonados en la plaza y los batallones de milicias disciplinadas de la provincia, que sumaban un total de 1.839 hombres.
Fortalecidos con la llegada de numerosos voluntarios del interior, los insurgentes guayaquileños organizaron una fuerza de más de 1.600 hombres y abrieron operaciones sobre la Sierra en los primeros días de noviembre, casi al mismo tiempo en que los sectores dirigentes de Cuenca proclamaban la independencia de esa ciudad y su provincia. A su vez el ejército porteño, dirigido por el coronel Luis Urdaneta, obtuvo un importante triunfo en Camino Real, al salir a la Sierra, el 9 de noviembre de 1820. Y ese triunfo estimuló también la insurgencia de otras poblaciones (Guaranda, Machachi, Latacunga, Riobamba, Ambato, Alausí, Loja y Tulcán) que se proclamaron independientes en el breve período comprendido entre el 10 y el 19 de noviembre de 1820.
A los triunfos siguieron derrotas: los patriotas de Cuenca fueron derrotados en Verdeloma el 20 de octubre y el pequeño ejército de Guayaquil fue derrotado en Huachi el 22 de noviembre. Así, los realistas pasaron a controlar toda la Sierra y los patriotas quedaron con el control de la Costa. Un nuevo intento de las tropas porteñas por acceder a la Sierra fue desbaratado el 3 de enero de 1821 en Tanizahua, donde fue capturado y fusilado su jefe, el coronel argentino José García. A partir de ese momento, solo el fuerte invierno costanero impidió que las fuerzas realistas ocuparan la Costa y acabaran con la independencia porteña.
Pero Guayaquil insistió en su esfuerzo liberador y organizó un segundo ejército, que recibió, a partir de febrero de 1821, el refuerzo de 1.200 soldados colombianos enviados por Simón Bolívar. Estos llegaron por mar desde el puerto de Buenaventura, bajo el mando del general Sucre, a quien la Junta de Gobierno de Guayaquil encargó la jefatura de sus fuerzas militares.
Sucre logró organizar en poco tiempo un ejército de 2.000 hombres, para enfrentar el ataque combinado de las fuerzas españolas de Quito y Cuenca, que habían bajado hacia la Costa con ánimo de recuperar Guayaquil. El choque se produjo el 19 de agosto de 1821 en Yaguachi, donde las fuerzas patriotas del general Mires derrotaron a las españolas del coronel González, causándoles 500 bajas y tomándoles 500 prisioneros y abundante material de guerra. La Junta de Guayaquil dispuso que en ese lugar se erigiera un monumento, cuya placa dijera: “Aquí fue libre Guayaquil bajo el escudo de Colombia”.
Estimulado con ese triunfo, Sucre subió con sus fuerzas hacia la Sierra, con ánimo de atacar Quito, pero fue derrotado en los llanos de Huachi, el 12 de septiembre de 1821. Los patriotas pelearon con bravura, mas su caballería de campesinos, agotada por el esfuerzo y afectada por la altura, no pudo resistir la carga de la fogueada caballería española. Los restos de la fuerza patriota se replegaron hacia la Costa.