A cambio de la concesión canalera y el monopolio de tránsito, la compañía de Vanderbilt se comprometió con el Gobierno de Nicaragua al pago de diez mil dólares anuales. Sin embargo, a pesar de su gran éxito, la compañía pagó su cuota del primer año y se negó a pagar lo demás, aduciendo grandes pérdidas. Ante esto, el presidente Fruto Chamorro (1853) exigió a la compañía el pago de sus deudas y denunció innumerables abusos que la empresa había cometido en Nicaragua.
En vez de pagar, Vanderbilt organizó y financió en 1854 una “revolución” para derrocar al nacionalista Chamorro, liderada por el opositor Francisco Castellón. Este, con ayuda de los jefes militares del sur, formó un supuesto “gobierno beligerante”, que pasó a controlar toda el área de tránsito de la compañía. Mas Chamorro movilizó sus tropas y recuperó el sur, con lo cual Castellón huyó a Costa Rica.
Empero, Vanderbilt estaba empeñado en imponer un gobierno títere al servicio de su compañía. Así que organizó un ejército mercenario en EE.UU., dirigido por el aventurero William Walker, para invadir Nicaragua y apoderarse del país. Walker desembarcó en El Realejo en junio de 1855 al mando de su “Falange Americana” y recibió el apoyo de un centenar de nicaragüenses. Luego se le unieron nuevas fuerzas mercenarias traídas de EE.UU. por Vanderbilt.
Castellón volvió a escena. Nombró a Walker coronel y luego general de brigada, mientras varios jefes militares traicionaban al gobierno y se pasaban al enemigo. Con esto, el filibustero gringo se sintió poderoso, traicionó a Vanderbilt y se apoderó de los barcos de la compañía de tránsito. Luego traicionó a los caudillos políticos que lo habían promovido y se proclamó presidente de Nicaragua, tras lo cual se lanzó a invadir otros países centroamericanos.
El pirata tenía el respaldo de los plantadores del sur estadounidense, deseosos de convertir a Nicaragua, Cuba y Santo Domingo en otros tantos Estados esclavistas de los Estados Unidos. Por eso restableció la esclavitud en Nicaragua y se lanzó a “americanizar” el país: emparejó la moneda nacional con el dólar, emitió bonos-dólares destinados a la venta en los Estados Unidos y liberó de impuestos a las importaciones, para facilitar la introducción de mercancías norteamericanas.
Alarmada con la situación, Costa Rica promovió una alianza militar centroamericana para combatir a Walker y sus piratas, y pidió ayuda a Inglaterra, que le proveyó de moderno y abundante equipo militar y dispuso que trece buques de guerra patrullasen ambas costas centroamericanas.
Eso planteó una disputa interimperialista por el control de América Central, pues el Gobierno de EE.UU. reconocía y apoyaba al esclavista Walker, mientras la librecambista Inglaterra lo combatía, porque atentaba contra sus intereses comerciales y estratégicos en el área.
Al fin, los centroamericanos derrotaron a Walker en abril de 1857, tras una durísima campaña militar, pero fuerzas navales de EE.UU. lo protegieron y evacuaron una y otra vez. En 1860, Walker hizo un nuevo desembarco pirático en Honduras, pero fue capturado por un barco de guerra inglés y entregado a las autoridades hondureñas, que lo fusilaron en medio de los aplausos de la multitud.