Ante la crisis causada por la “Venta de la bandera”, el pueblo de Guayaquil impuso el 5 de junio de 1895 la Jefatura Suprema de Eloy Alfaro e hizo abortar el contubernio de conservadores y “liberales de orden” para imponer un gobierno plutocrático. Este es el testimonio personal de Alfaro sobre esos acontecimientos:
“Hallábame en la hospitalaria tierra de Nicaragua, cuando el alambre eléctrico me llevó la noticia de mi proclamación. Al instante acepté tan alta distinción, me puse en marcha y el 18 de junio arribé a esta ciudad. Conmovida mi alma por el entusiasmo delirante del pueblo, que me hacía palpar que siempre era digno descendiente de los próceres del 9 de Octubre, asumí el mando el día 19. …
La nación se encontraba, cuando me hice cargo del mando, en completa anarquía; y fue por esto mi cuidado preferente procurar la conciliación de ánimos exaltados, para que no fueran estériles los sacrificios del pueblo.
Envié comisiones de paz a Quito y Cuenca, donde se encontraban los verdaderos núcleos de resistencia, y di como instrucción especial, al señor doctor don Rafael Pólit, presidente de la comisión principal, la de que, si mi personalidad fuese un inconveniente para obtener la paz, yo estaría pronto a separarme del poder, con tal de que ese paso tendiera a la reconciliación de la familia ecuatoriana. Las comisiones fueron rechazadas; se hizo entonces inevitable la guerra.
Carecíamos del armamento necesario para atender a los miles de patriotas que clamaban por empuñar el rifle para combatir y lavar la afrenta inferida al sagrado emblema de la patria…
La situación económica del país no podía ser más aflictiva; todas las rentas pignoradas; la Tesorería de Guayaquil empeñada con certificados por ingentes sumas y la ciudad amenazada de un desbordamiento por manejos maquiavélicos, brote natural de esa escuela de depravación que había implantado en el país el partido floreano, de tenebrosa historia.
Para llevar a cima la grande obra de la regeneración, se presentaban obstáculos al parecer insuperables, pero la sensatez y levantado patriotismo del pueblo guayaquileño alejaron el peligro y obviaron todos los inconvenientes.
Se facilitó al Gobierno el dinero preciso para atender a los gastos inaplazables; las armas que estaban en manos de los buenos ciudadanos fueron entregadas al parque y se organizó en la Costa un ejército de voluntarios hasta donde lo permitieron los exiguos elementos de guerra; ejército que, por distintas direcciones, marchó en auxilio de sus hermanos del interior, quienes, si en verdad se encontraban empeñados en heroica lucha, hubieran sucumbido ante la desigualdad de fuerzas y la carencia de elementos.
Con su abnegada cooperación y con el valeroso arrojo de nuestros soldados se triunfó en todas partes, volviendo así la paz a la nación. Los vencidos en armas fueron perdonados”.